1. 細胞類

   - 微生物細胞

       - 細菌細胞：如大腸桿菌、枯草芽孢桿菌等。這些細菌細胞的細胞壁主要由肽聚糖組成，超聲波產生的空化效應和機械效應能夠破壞肽聚糖的結構，使細胞壁破裂，從而釋放細胞內的質粒DNA、酶、核糖體等成分。在基因工程中，用于提取細菌中的重組蛋白或質粒就經常會用到超聲波細胞破碎儀。

       - 酵母細胞：像釀酒酵母，其細胞壁成分較為復雜，含有葡聚糖、甘露聚糖等。超聲波能夠穿透細胞壁，使細胞內的細胞器（如線粒體、內質網）和生物大分子（如蛋白質、核酸）釋放出來。在發酵工業中，可用于破碎酵母細胞來提取酵母中的營養成分或用于研究酵母的代謝產物。

       - 放線菌細胞：這類細胞產生許多有價值的抗生素，如鏈霉素、紅霉素等。通過超聲波破碎細胞，可以獲取細胞內的抗生素合成酶或其他代謝產物，用于抗生素的生產和研究。

   - 植物細胞

       - 高等植物細胞：植物細胞有細胞壁，其主要成分是纖維素、半纖維素和果膠。超聲波能夠使細胞壁上的這些成分在局部產生破裂，釋放出細胞內的葉綠體、液泡等細胞器。例如在從植物細胞中提取天然色素（如葉綠素、花青素）、植物蛋白或次生代謝產物（如生物堿、黃酮類化合物）時，超聲波細胞破碎儀可有效破碎植物細胞。

       - 藻類細胞：包括綠藻、藍藻等。藻類細胞的結構相對簡單，但細胞壁成分因種類而異。超聲波可破碎藻類細胞，提取細胞內的油脂（用于生物柴油生產）、多糖（具有免疫調節等功能）和蛋白質等成分。

   - 動物細胞

       - 哺乳動物細胞：例如人或小鼠的細胞。這些細胞沒有細胞壁，相對比較脆弱。超聲波可以破壞細胞膜，釋放細胞內的各種成分，如用于從哺乳動物細胞中提取細胞因子、生長因子、特定的膜蛋白等，在生物醫學研究和藥物研發中有重要應用。

       - 昆蟲細胞：在昆蟲細胞培養用于生產病毒疫苗或重組蛋白的過程中，超聲波細胞破碎儀可用于破碎細胞，獲取細胞內的目標產物。

2. 亞細胞結構與細胞器

   - 線粒體：是細胞進行有氧呼吸的主要場所，含有多種酶和少量的DNA、RNA。當需要單獨研究線粒體的功能、提取線粒體中的酶（如細胞色素氧化酶）或線粒體DNA時，可以使用超聲波細胞破碎儀將線粒體從細胞中分離出來并破碎，獲取其中的成分。

   - 葉綠體：植物細胞特-有的細胞器，是光合作用的場所。通過超聲波破碎葉綠體，可提取光合色素（如葉綠素a、葉綠素b）、光合酶（如RuBP羧化酶）以及葉綠體DNA，用于研究光合作用的機制和葉綠體的基因表達。

   - 溶酶體：內部含有多種水解酶，在細胞內起消化分解作用。超聲波破碎溶酶體后，可以得到這些水解酶，用于研究溶酶體相關的生理病理過程，如細胞自溶、免疫反應等。

   - 內質網和高爾基體：它們參與蛋白質和脂質的合成、加工和運輸。超聲波細胞破碎儀可用于破碎這些細胞器，獲取參與合成和加工過程的酶類、運輸小泡等成分，有助于研究細胞內的物質合成和運輸機制。

3. 其他生物大分子聚集體或顆粒

   - 病毒顆粒：病毒由核酸（DNA或RNA）和蛋白質外殼構成。在病毒學研究中，為了獲取病毒核酸用于基因分析或制備病毒疫苗，需要破碎病毒顆粒。超聲波細胞破碎儀可以破壞病毒的蛋白質外殼，釋放核酸。

   - 脂質體：是一種人工制備的磷脂雙分子層囊泡，可用于藥物遞送等領域。超聲波可以使脂質體的結構發生變化，調節其大小和內部包裹物質的釋放，例如在藥物控釋研究中，通過超聲波破碎儀破碎脂質體來控制藥物的釋放速度。

   - 蛋白質聚集體：在某些情況下，蛋白質會形成聚集體，如包涵體（在細菌表達重組蛋白時常見）。超聲波細胞破碎儀可用于破碎這些聚集體，使蛋白質重新溶解，便于后續的蛋白質純化和復性。